Archäologische Funde zeigen, dass das Gebiet des heutigen Kandern bereits in vorgeschichtlicher, keltischer und römischer Zeit besiedelt war. Vermutlich waren es die Tonvorkommen, welche den Ort schon damals für eine Siedlung attraktiv machten. Der Name Kandern ist eine germanische Bildung und bedeutet an der Kander liegend. Der Name der Kander selbst – des Baches, der Kandern durchfließt – stammt vom keltischen kander für glänzend.
Die älteste bekannte schriftliche Erwähnung als Cancer erfolgte am 5. Dezember 776 in einer Urkunde des Lorscher Codex anlässlich der Schenkung einer Lantsuint und deren Söhnen Richbert und Zenzo an das Kloster Lorsch. Auch in weiteren Urkunden des Codex wird Kandern genannt. Die Annalen des Klosters halten zur gleichen Zeit Eisenlieferungen aus Kandern fest, die demnach bereits im 8. Jahrhundert Bedeutung für Kandern gehabt haben. Eisenabbau und -verarbeitung prägten den Ort das ganze Mittelalter und gewährleisteten einen gewissen Wohlstand und begrenzte Freiheit.
Kandern wuchs aus ursprünglich drei Ortschaften zusammen:

• Kandern, im Bereich der evangelischen Kirche gelegen,

• Minder-Kandern im Tal des Lippisbaches, etwa beim heutigen Schwimmbad, 

• und einer Siedlung im flachen Talgrund der Kander bei der Papiermühle.

 Kandertalbahn

Seit 1802 wurden in Kandern verschiedene Märkte abgehalten. Besonders bekannt wurde der Kandermer „Rossmärt“, ein Pferdemarkt, der, verbunden mit reitsportlichen Veranstaltungen, über die engere Umgebung hinaus bekannt wurde. 1810 wurde der Stadt vom badischen Großherzog das Stadtrecht verliehen, obwohl der Ort damals nur wenig mehr als 1300 Einwohner hatte. Zudem wurde die Stadt Sitz eines Bezirksamtes, das allerdings schon 1819 wieder aufgelöst wurde.

 Gedenkstein für die auf der Scheideck Gefallenen

 Kandern Gefecht 1848

Bis 1972 gehörte Kandern zum Landkreis Müllheim und kam nach dessen Auflösung zum Landkreis Lörrach. Die heutige Stadt wurde am 1. März 1974 durch Vereinigung der Stadt Kandern mit den bis dahin selbstständigen Gemeinden Feuerbach, Holzen, Riedlingen, Sitzenkirch, Tannenkirch und Wollbach neu gebildet.